南宋末年，这里的城镇出具规模，木氏土司的先祖将其统治中心移到这里狮子山脚下，那是的丽江谈不上城，只能说是比较成规模的集市，作为丽江在宋代的最后一代首领，阿棕阿良带领组人安然躲过了丽江历史上的首次强敌入侵。

1253年，忽必烈南征大理，兵临丽江城下，阿棕阿良经过冷静分析，认为元军并不想攻占地盘，而是要借道进攻大理，最终灭亡宋朝。阿棕阿良毅然开城投降。蒙古军进驻丽江古城大石桥一带。阿棕阿良还把忽必烈迎进丽江城内居住数日，这期间，阿棕阿良与忽必烈交往甚密，今天的纳西古乐中有北时细里的乐谱，相传就是忽必烈留赠给阿棕阿良的元代遗音。

忽必烈大军在丽江休整了近半个月，阿棕阿良即随元军向大理进军，同年12月一举攻下大理城。忽必烈大军班师回朝时途径丽江，忽必烈便赐名“丽江郡”，任命阿棕阿良为茶罕章宣慰司，由此，丽江纳西族的土司制度开始实施，阿棕阿良也成为丽江第一任土司老爷。

 丽江开始以一个开放的心态面对外来的新生事物。元代的丽江“各种马站、驿站星罗棋布脉络相通，朝令夕至，闻声必达”，到丽江来的中原人士也日益增多，他们在这里兴办学校，设立孔庙，推行儒学。